Sakura Mikan et Imai Hotaru sont deux petites filles de 10 ans qui se sont rencontrées à l'école primaire. Un jour, Hotaru doit partir dans une école spéciale car elle est dotée d'un don, un Alice.
Mikan, désespérée, part à sa recherche et trouve enfin l'Académie Alice où tous les élèves et professeurs sont dotés d'un Alice différent. A son arrivée, elle fera d'étranges découvertes...